据微生物代谢方式的不同，可分为三大类：腐生性微生物，在生物圈中它们属于，对生态系统中的起着不可替代的作用；寄生性微生物在生物圈中属于；自养性微生物在生物圈中属于．

从营养方式上，一些微生物（如蘑菇）以腐生方式生活，在生物圈中属于：还有一些微生物（如肺炎球菌）以寄生的方式生活，属于：还有的微生物能自己制造有机物，属于．所以，微生物在生物圈中有着重要作用．