A、一块农田中的农作物,只有植物,没有消费者、分解者和非生物部分,因此不能构成一个生态系统,A错误;
B、生产者、消费者和分解者,只有生物部分,缺少环境,因此不能构成一个生态系统,B错误;
C、任何生态系统的自我调节能力具有一定的限度,如果外来干扰超出了这个限度,生态系统的稳定性就会遭到破坏,从而降低了生态系统的自我调节能力.生态系统的破坏并不是暂时的,如:当池塘受到轻微污染时,它能通过自身的净化作用消除污染,逐渐恢复到污染前的状态,当池塘受到严重污染时,超出其自身的调节能力时,池塘中的动植物和数量就会急剧减少,最终导致生态系统崩溃,清水池变成臭水沟,C正确;
D、生物圈是地球上所有生物与其生存的环境构成的一个生态系统,生物部分包括生产者、消费者还有分解者,非生物部分包括阳光、空气、水、温度等,是最大的生态系统,D错误.
故选:C.